27 marca 1982 r. została erygowana parafia pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny Matki Miłosierdzia przy ul. św. Bonifacego 9. Pierwszym jej proboszczem został ks. Tadeusz Mierzwiński MIC. Parafia rozwijała się dynamicznie. Jesienią 1984 r. na Stegny został przeniesiony Zarząd Polskiej Prowincji Zgromadzenia Księży Marianów. W roku 1986, w uroczystość Bożego Narodzenia, została odprawiona pierwsza msza św. w górnym kościele. Był to ważny moment w życiu parafii - budowa kościoła została ukończona. Teraz pozostało wykończenie surowego wnętrza. W dalszym okresie zaplanowano wykonanie oświetlenia, a dalej - ławek, stacji Męki Pańskiej, witraży.
Poświęcenia kościoła górnego 29 marca 1987 r. dokonał ks. kard. Józef Glemp, Prymas Polski. W roku 1988 ukończono budowę przykościelnej kaplicy bł. Jerzego Matulewicza. Rok później pomyślnie zakończono wznoszenie wieży-dzwonnicy, gdzie 1 kwietnia 1992 r. zostały zawieszone trzy dzwony: bł. Jerzy - 570 kg, Jan Paweł II - 989 kg i Matka Miłosierdzia - 1718 kg. Dzwony po raz pierwszy można było słyszeć podczas rezurekcji 19 kwietnia tego samego roku. 31 maja 1993 r. ks. kard. Józef Glemp dokonał uroczystej dedykacji kościoła.